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Incapacidad médica en Colombia: guía completa de pago y gestión

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| 5 Minutos de lectura

| Publicación octubre 29, 2026| Última actualización octubre 29, 2026

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La incapacidad médica en Colombia es el reconocimiento que otorga un profesional de la salud a un trabajador cuando este presenta una inhabilitación física o mental para laborar.

 

Su reconocimiento económico varía según el origen de la contingencia: en las enfermedades de origen común, el empleador asume los primeros dos días al 66,67% del salario y la Entidad Promotora de Salud (EPS) cubre desde el día 3 hasta el 180 bajo el Decreto 1427 de 2022 y el Artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo (CST).

 

En contraste, cuando la ausencia se debe a un accidente de trabajo o enfermedad profesional, la Administradora de Riesgos Laborales (ARL) asume el pago desde el primer día sobre el 100% del Ingreso Base de Cotización (IBC), tal como lo contempla la Ley 776 de 2002.

 

A continuación detallaremos qué es una incapacidad médica, quién paga la incapacidad, cómo se calcula el pago y algunos requisitos y trámites que se deben tener en cuenta. ¡Comencemos!

¿Qué es una incapacidad médica y cómo se clasifica en Colombia?

Una incapacidad médica es el certificado formal que emite un médico adscrito al sistema de salud para justificar la falta temporal del colaborador a sus actividades laborales por motivos de salud.

 

Este documento justifica la inasistencia ante el empleador y activa la prestación económica destinada a proteger los ingresos del trabajador mientras dura su recuperación.

 

En el marco normativo colombiano, las ausencias por salud se dividen en dos categorías principales según las causas que originen la patología:

 

  • Incapacidad de origen común: corresponde a patologías o accidentes que no tienen relación directa con las funciones del cargo o el entorno de trabajo, como una gripe severa o un accidente doméstico.
  • Incapacidad de origen laboral: proviene de accidentes ocurridos durante el ejercicio de la labor encomendada o de enfermedades contraídas por la exposición a factores de riesgo inherentes a la actividad productiva.

¿Quién paga la incapacidad médica según su origen y días de duración?

La responsabilidad del pago financiero de una incapacidad médica se reparte entre el empleador, la Entidad Promotora de Salud (EPS), la Administradora de Fondos de Pensiones (AFP) y la Administradora de Riesgos Laborales (ARL), dependiendo del tipo de origen y del tiempo continuo de falta.

 

A continuación, detallaremos el esquema legal de responsabilidades y los porcentajes de auxilio previstos por la norma vigente:

Origen del evento Días de la falta Entidad responsable Porcentaje de reconocimiento
Común (enfermedad general) Días 1 y 2 Empleador 66,67% del IBC (con piso de un salario mínimo diario)
Común (enfermedad general) Días 3 al 90 Entidad Promotora de Salud (EPS) 66,67% del IBC (con piso de un salario mínimo diario)
Común (enfermedad general) Días 91 al 180 Entidad Promotora de Salud (EPS) 50% del IBC (sin bajar del salario mínimo)
Común (enfermedad general) Días 181 al 540 Administradora de Fondos de Pensiones (AFP) 50% del IBC (con concepto favorable de rehabilitación)
Laboral (accidente o enfermedad) Desde el día 1 Administradora de Riesgos Laborales (ARL) 100% del IBC de cotización

¿Cómo se calcula el pago de una incapacidad médica de origen común?

El valor diario del auxilio por ausencia común se determina tomando como referencia el Ingreso Base de Cotización (IBC) del mes anterior al inicio de la enfermedad. Para realizar esta operación se aplica la siguiente fórmula matemática estándar:

 

Valor diario de incapacidad = (IBC del mes anterior × porcentaje de ley) ÷ 30

 

Para ilustrar esta operación, se puede revisar el caso de un colaborador con un sueldo de $2.400.000 COP que presenta una inasistencia de 5 días por enfermedad general. La liquidación se desglosa así:

 

  • Valor día base: $2.400.000 ÷ 30 = $80.000 COP.
  • Porcentaje aplicable (66,67%): $80.000 × 0,6667 = $53.336 COP por día.
  • Días 1 y 2 (a cargo de la empresa): $53.336 × 2 = $106.672 COP.
  • Días 3 al 5 (a cargo de la EPS): $53.336 × 3 = $160.008 COP.

Existen dos reglas clave que deben ser respetadas en todo procedimiento de liquidación. En primer lugar, la Sentencia C-543 de 2007 de la Corte Constitucional prohíbe que el valor resultante del auxilio diario sea inferior a la proporción diaria del Salario Mínimo Mensual Legal Vigente (SMMLV).

 

En segundo lugar, durante la incapacidad, la empresa debe mantener el pago de los aportes a salud y pensión, mientras que la cotización a riesgos laborales se suspende por la ausencia de riesgo operativo.

 

Y es aquí cuando es clave contar con un software de recursos humanos como el de Buk, ya que puedes simplificar procedimientos al integrar la gestión de ausentismos dentro de la liquidación de nómina.

 

Pues, con el módulo de nómina de Buk calculas de forma automática las proporciones para los primeros días, aplicas las garantías del salario mínimo y preparas los archivos requeridos para solicitar el recobro ante las entidades promotoras de salud.

¿Cuáles son los requisitos y trámites para recobrar una incapacidad médica?

Ahora bien, para gestionar y cobijarse bajo el subsidio de inasistencia médica ante la EPS, la empresa debe comprobar que el colaborador registre mínimo cuatro semanas de cotización continua previas al inicio de la novedad, según lo exige el Decreto 1427 de 2022.

 

El procedimiento administrativo para surtir este trámite contempla los siguientes pasos habituales:

 

  1. Recepción de documentos: el trabajador hace llegar la incapacidad física o digital emitida por la IPS adscrita a la red de salud dentro del plazo establecido por el reglamento interno.
  2. Validación o transcripción: si la orden fue extendida por un profesional particular, la empresa o el usuario debe adelantar el proceso de transcripción ante la EPS correspondiente.
  3. Radicación electrónica: el equipo administrativo carga la novedad en el portal de prestaciones económicas de la EPS correspondiente.
  4. Descuento y recobro: la empresa desembolsa el auxilio en la nómina habitual y posteriormente compensa el cobro o recibe el desembolso directo por parte de la aseguradora.

En definitiva, gestionar las ausencias por salud de manera clara y eficiente protege el bienestar de los colaboradores y cuida las finanzas de una organización.

 

Es por esto que, si buscas simplificar el registro, cálculo y cobro de novedades médicas en una sola plataforma, Buk se convertirá en tu mejor aliado, automatizando tu nómina y transformando la gestión del talento en tu organización. ¡Agenda una llamada con nuestros asesores hoy mismo!

Preguntas frecuentes

¿Un empleador puede despedir a un trabajador mientras está con incapacidad médica?

No es posible despedir a un colaborador durante un periodo de incapacidad sin contar con la autorización previa del Ministerio del Trabajo. La norma protege a las personas bajo inhabilitación médica mediante la figura de la estabilidad laboral reforzada.

¿Qué ocurre si la incapacidad común se extiende más de 180 días?

Cuando la ausencia supera los 180 días continuos, la responsabilidad del pago pasa del sistema de salud a la Administradora de Fondos de Pensiones (AFP), siempre que exista un concepto favorable de rehabilitación emitido por la EPS. Si el concepto es desfavorable, se inicia el trámite para calificar la pérdida de capacidad laboral.

¿Las incapacidades médicas afectan el cálculo de las prestaciones sociales?

Las incapacidades de origen común o laboral no suspenden el contrato de trabajo, por lo cual los días de ausencia se computan para el pago de la prima de servicios, cesantías e intereses de cesantías. Sin embargo, no generan derecho al auxilio de transporte cuando el trabajador no debe desplazarse a la sede laboral.

¿Cómo ayuda un software de nómina como Buk a controlar las novedades por incapacidades?

Un software de recursos humanos como Buk permite registrar los certificados médicos, clasificar su origen automáticamente y aplicar los porcentajes correctos en cada período de nómina. Esto evita errores manuales en los cálculos salariales y consolida la información para agilizar la recuperación de fondos ante las EPS y ARL.

Profesional en Estudios Literarios y Edición de la Universidad Jorge Tadeo Lozano, con formación complementaria en ...

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